Desde su origen, el programa Enciclomedia tuvo anomalías como un pago irregular –una "donación" por 7 millones de pesos– a su autor, Felipe Bracho Carpizo, el incumplimiento por parte de las empresas en la instalación y operación de las aulas prometidas, así como el tráfico de influencias en el otorgamiento de los contratos de licitación.