La persecución por el gobierno central en poder de Carranza, así como las intrigas y la desconfianza al interior del movimiento provocaron que uno de los hombres más cercanos a don Emiliano fuera acusado de traición por un consejo de guerra nombrado por el propio caudillo y finalmente fusilado en mayo de 1917.

Para el siglo XVIII ya existía un importante grupo de pensadores novohispanos que, influidos por las ideas europeas de la Ilustración, se dedicaron a investigar los problemas locales y a darles solución con base en argumentos científicos. Entre ellos destacó de manera especial el doctor José Antonio de Alzate y Ramírez.